ユナイテッド・エアロスペース・コーポレーション(UAC)のフォボス基地にて、ベトルーガー博士は地球にいるカーン博士と共に古代のテレポーター「ゲート」を使用してネバダ州のUACラボからフォボスへ被験者をテレポートさせる準備を行っていた。実験は成功したが、現れた人物は部分的に変形していた。同じ頃UACの輸送船内では、フォボス基地を警護する任務を課せられた海兵隊のグループが冷凍保存状態から覚醒し、その中には隊員たちが左遷される原因となる不祥事を起こしたジョアン・ダーク中尉がいた。一方フォボス基地ではカーン博士の実験中止要請に反して、ベトルーガーはネバダ基地に自分をテレポートさせようと試みる。そしてベロニカによる準備が整い、ベトルーガーはゲートを通過した。しかし、直後モンスターがゲートから出現し科学者たちを襲ったためフォボス基地が機能不全に陥る。基地に入ることも連絡を取ることもできなくなった海兵隊は、上官から調査して電力を復旧させる命令を受け取った。海兵隊は共にフォボス基地に赴任する予定であった科学者のベネット・ストーンと共に、モンスターに基地が襲撃された事態を知らないまま任務を遂行し始める。基地内にてベネットは予備電力が2%まで消費されており、核融合炉が爆発するまで90分しか残されていないことを発見した。そこで基地の設備を復旧するため行動する海兵隊だったが、ゾンビのようなクリーチャーに変異したUACスタッフに攻撃され隊員の半数が戦死する。だが戦闘中に、海兵隊は3人の生存者(ベトルーガー、ベロニカ、基地の牧師グローバー)を救助することに成功。ベトルーガーは、UACが惑星を植民地化するために30年間ゲートを研究してきたことを隊員らに打ち明ける。ゲートはエイリアンの古代種族が残していったものと考えられていたが、グローバーは彼らはデーモンであると信じていた。ベトルーガーは基地を復旧させるようジョアンに頼むが、中尉は彼に基地を放棄して海兵隊と共に避難するように命じた。
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