潜水艇の操縦者・小野寺と物理学者の田所博士らは海底調査の結果、日本海溝の異変を検知する。やがて、各地の休火山が噴火し始めたことから、博士たちは政府と共に、国民を最終的に国外へ脱出させる“D計画”を始動し、さらなる海底調査を敢行。その結果、日本列島は遅かれ早かれ海底に沈む、という恐るべき推測に到達するのだった。そして、いよいよ大地震も発生したことにより二次災害が人々を襲い、日本中がパニック状態に陥っていく。D計画の速やかな遂行が迫られ、国民を海外へ避難させ始める中、小野寺も恋人の玲子と共に脱出を決意。その間にも、日本列島は頻発する火山噴火と地震に見舞われ、ついに水没し始めるのだが…。言わずとしれた小松左京の大ベストセラーの映画化にして、東宝特撮陣による渾身の大作。大地震によって地盤が液状化する演出などは実際に科学者に取材して撮影されたという。地震・噴火・土砂崩れといった自然災害の恐ろしさがリアルに表現されている。
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